慈善基金会日常由宗正府宗正、驸马巩永固管理，朱由检对这位驸马都尉的品德是极为信任的。
巩永固在四海商行中的股份，每年可以为他带来十万两以上的收入，加之他并非喜奢侈之人，府中风气也非常之正，所以不管是勋贵还是文官们，都对这位皇帝眼中的红人较为敬重，深受朱由检影响的巩永固，也时常散财扶危救困，是管理基金会最合适的人选。
按照朱由检的旨意，基金会财富更多的向妇幼倾斜，让更多缺少男劳力的家庭受益，基金会雇请的书办、杂役平日里的主要工作便是，收集京畿地区上述家庭资料，在核查无误后，根据具体情况决定基金的发放额度。