虽然当地官府有些官员平时与这些商人过从甚密，但对于海商们的行为确实并不知情。
有鉴于此，朱由检当即批示，宁波府涉及破坏港口设施的人员全部处斩，幕后主使者同罪，家人不涉及其中，家产抄没归公。
与之有牵连的官员罢职归家，永不启用。
对于空缺官员补缺一事，吏部尚书周云建议从山东就近调用，以免从陕西派遣过去后距离太远耽误公事，朱由检考虑之后同意了周云的建议。
山东往南四湖地区移民的工作也取得了巨大成功，相关官吏在其中也是功绩卓著，这次的拔擢会极大调动官吏们的工作积极性，促进山东官员的流动性，使得一些表现优异的低级官吏能顺利递补上来。
在下达完处置宁波府、松江府两地相关事宜的指令后，洛阳府的奏报也送到了朱由检的案头。