王化贞平常把孙得功看作心腹，而孙得功已偷偷地投降了后金，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。
城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。王化贞正关起门办理军书，毫无所知。
参将江朝栋推门闯进来，王化贞大声训斥他。
江朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。
在大凌河遇上了熊廷弼，熊廷弼微笑着说：“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢？”
王化贞感到惭愧，建议驻守宁远和前屯。
熊廷弼说：“已经晚了。现在只有保护老百姓入关去！”于是把自己所领的五千人交由王化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。
正月二十六日熊廷弼和韩初命一起护送难民入得关来，王化贞、高出、胡嘉栋也先后入关，只有高邦佐自杀而死。
孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎入广宁时，王化贞逃跑已有两天时间。
后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。
萨尔浒之战和王化贞，都可以说是指挥不力造成的失败。
到了眼下，孙承宗主持大局，则不存在这个问题。
因为孙承宗不但头脑清楚，是明末当之无愧的帅才，且地位崇高。万历四十八年（1620年），明熹宗朱由校即位，孙承宗以左庶子充当日讲官。
孙承宗是天启皇帝朱由校的老师，这种人为统帅，至少不怕谗言，而又有军事才能，则更为不易。
似乎是天要庇佑大明了。
天启元年（1621年），孙承宗官升少詹事。同年，后金进攻辽东，沈阳、辽阳先后被攻陷，辽东经略袁应泰自杀。御史方震孺奏请熹宗朱由校以孙承宗代替崔景荣为兵部尚书，朝中大臣也认为孙承宗知晓兵事，推举孙承宗为兵部添设侍郎，主持辽东防务。
熊廷弼被罢免后，朝廷以王在晋为辽东经略。王在晋上任后打算袭取广宁，但总督王象乾认为就算能攻取广宁，但也不容易守住，还不如重守山海关防卫京都。
于是王在晋在山海关外八里铺修筑重关，留四万人马去守。
袁崇焕认为王在晋此举不是好的策略，与王在晋争辩无果后，上书给首辅叶向高。
叶向高却认为不能凭主观猜测，于是孙承宗请求亲自前往辽东决断。
朱由校非常高兴，加封孙承宗为太子太保，并赏赐蟒袍、玉带、银币等。
孙承宗到达山海关后，巡行边塞，袁崇焕向孙承宗请示道：“在宁远驻扎五千兵力，以壮十三山的声势，然后派遣将领带兵去救援十三山。宁远距离十三山只有两百里，可以轻易占据锦州，如果不行再退守宁远，怎么能放弃十万难民？”
孙承宗于是与总督王象乾商议，王象乾认为驻扎关上的军队刚刚打了败仗，士气沮丧，不如调动插部护关的军队三千人前往宁远，孙承宗同意后一方面调兵前往宁远，一方面去救难民，救援失败，十万难民只救回六千人。
孙承宗对此询问王在晋：“新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马移四万人来驻守？”
王在晋说：“应该另外设立一支四万人的军队。这样一来，八里铺就有八万兵了，可是一片石西北不派兵驻守吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城，旧城前面埋的地雷是用来对付敌人的，还是用来对付自己新兵的？新城可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”
“如果这样的话，敌人兵临城下，士兵像先前那样逃跑，哪里还用得上重关？”孙承宗说：“准备在山上建三座营寨，防止士兵溃逃。”
王在晋说：“士兵没有溃败就修筑营寨等待他们，你这是在教士兵逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，敌人也可以尾随他们进来。你现在不为恢复做打算，却在这闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷争斗，京都以东还有安宁之日吗？”
孙承宗无话可说，孙承宗于是召集诸将商议关外防守的问题。
袁崇焕主张守宁远，阎鸣泰主张守觉华岛，王在晋主张守中前所。
孙承宗采用袁崇焕的建议，并亲自镇守关门。
而后明熹宗在孙承宗的建议下罢免了王在晋的辽东经略之职。
天启二年（1622年）八月，孙承宗于是自请为督师，还让蓟、辽等原来的将领监管各处，见机行事时不必受到其他人的限制。
孙承宗用阎鸣泰为辽东巡抚，又用鹿善继、王则古为赞画，并请求从国库带走八十万钱。
皇帝朱由校同意后，亲自将孙承宗送出宫门，并赐给孙承宗尚方宝