在奈克斯特奥特曼消灭了异生兽母体theone的大概五年后，theone的碎片散落到世界各地，
感染了各种各样的生灵，化成了不同的异生兽，这时，人类所了解的世界表面，看上去并未发生太大变化，
但是，世界各地不断传来了那些“异生兽”攻击和吞食人类，致使人员不断伤亡的报告，
为了暗中解决这个问题，人类政府秘密联合成立了世界性防卫组织“terrestrialliberationtrt”，
总部位于北美，简称“tlt”，其下日本支部则被称为“tlt-j”，而“tlt-j”的直属特种机动作战部队，x33
就是“夜袭队（nightraider）”，他们的任务就是秘密消灭所有出现的各种各样的异生兽，
而这个组织都会消除所有的那些目击了异生兽的幸存者的记忆，在黑暗中维护着人类社会秩序，
孤门一辉是tlt的新成员，正当孤门前往tlt的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸得奈克赛斯奥特曼相救，
这便是孤门与奈克赛斯奥特曼的初次邂逅，当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克赛斯奥特曼，
但是，西条凪副队长却认为奈克赛斯奥特曼也是异生兽，并对其展开了攻击，
而且她的这种做法，还得到了说明者cic的认同，孤门对于此举大感不解，对工作感到了迷失，
但随着那些异生兽的不断学习和进化，导致拥有骄人战绩的夜袭队，不得不陷入了苦战，
此时，光之巨人奈克赛斯奥特曼的突然登场并打破了这种僵局，随后，那些异生兽进化开始变得相当巨大，
奈克赛斯奥特曼便变成红色的青年形态，而战地记者姬矢准，作为奈克赛斯奥特曼的适能者，
出现在这场人类与异生兽的战斗之中，他利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域”，
在变身成为巨大化后的奈克赛斯奥特曼，将异生兽拉入这个与世隔绝的异空间内进行战斗，
这个空间就连夜袭队的“铬金切斯特”战机也没有办法闯进入，在面对新型的战场环境下，
后来的tlt才研发出了一种特殊科技战机合体后，才可以进入这个异空间内进行并肩作战，
就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯奥特曼将那些遇到的异生兽都消灭掉了，
在一次战斗中，奈克赛斯奥特曼腿部受伤，变回了适能者姬矢准后，更是受到西条和孤门的追捕，
孤门见姬矢伤势便知道他就是奈克赛斯奥特曼，这时，姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，x33
孤门在触碰飞行物体时，便感到了姬矢准的过去充满了悲伤，两人的命运开始纠缠在一起了……
tlt-j第三基地夜袭队的新队员孤门一辉与和仓队长及其他队员一起处理着繁忙作战任务，
可自从他遇到姬矢准后，便对自己任务及周围环境产生疑问：
组织内究竟隐藏着怎样的秘密？
队员们的过去又是如何？
奈克赛斯·奥特曼和异生兽的原形到底是什么？
这一切事件的根源又是？
……
而孤门和姬矢也在不知不觉之中，通过慢慢的，不断的接触，两人建立起了深厚的友谊，
并一步步的，开始揭开这一切现实中的谜底，奈克赛斯奥特曼的故事从此拉开了序幕……
这时，之前一直在地球上沉睡的红色发光体red，感知到了那些被theone分子物质感染而成的异生兽，
为了保护人类，不得不再一次和人类（挑选中的适能者是姬矢准）融合，变成了奈克赛斯奥特曼，
这也是因为诺亚奥特曼比之以前恢复了更多的伤势，从而变成了更强大的新形态，
还有的是，因为来访者根据诺亚奥特曼的样子制造出了黑暗扎基，但是，由于黑暗扎基的暴走，
来访者不得不被迫炸毁了80，并和黑暗扎基一起，在此期间，逃到了这个宇宙的地球上，
当初诺亚奥特曼由于伤势过重，退回了最原始的形态，也就是奈克斯特奥特曼和东野田成分别之后，
化为了红色发光体red，最初为了追击异生兽母体theone而来到了这个宇宙的地球上，
并借助这个地球上的人类真木舜一的身躯来战斗，消灭了那个异生兽母体theone后，
最后被真木舜一的话所感动，决定把自己的生命给了真木舜一，和对方的身体分离之后，
由于感知到那个异生兽母体theone并没有完全消灭掉，不得不留了下来，在地球上沉睡，
他把自己的光留在了地球上，等待像真木舜一这样的人（也就是被选中的适能者）来继承光