政务部下设：督查司、教育司、司法司、汉中府、安康府、商洛府。
后勤部下设；财务司、工农司、军工司、土地改革司、宣传司。
参谋部下设；行军参谋司、情报司、军事执法司、军需司。
参谋部参谋长马天佑、政务部部长梁仁新、后勤部部长叶康杰、诉讼院院正沈子衡、督察院院正丁立诚、李向东兼任科学院院长及汉中军最高指挥官汉中将军。
汉中军下辖10个缩编卫，一个缩编卫7000人（满编卫11000），10个缩编卫共计7万人。
亲军卫参将方鹏飞（禁军），中军卫参将叶有为，前军卫参将姜继海，后军卫参将张春昊，左军卫参将王绍辉，右军卫参将叶康成，征东卫参将许森，征西卫参将刘启龙，征南卫参将蔡云杰，征北卫参将曹虎
10人为一小旗，3小旗为一队（31人，设队官），3队为一百户（95人，设百户官），4百户为一总（385人，设把总），3总为一千户（1160人，设千户官/守备），3千户为一营（3500人，设游击将军），3营为一卫（11000人，设参将），3卫为一军（33000人，设副将），3军以上总兵官统辖。
其中人民代表委员会正在筹备中，先设定一个规划，等条件成熟再组建，你懂的；
诉讼院、督察院是新组建的机构，直属于军政府，有利于提高司法独立的独立性。
督察院相当于后世的检察院，丁立诚为人向来正直，正适合当院正一直。
诉讼院相当于后世的法院，沈子衡任院正，一方面是沈子衡是进士出身，做过县令，熟悉律法，另一方面是他降官的身份，可以起到良好的示范作用。
参谋部内部新增设一个新的机构行军参谋司，专门负责行军打仗的谋划工作，负责人是李岩。