战斗城市篇
海马从古埃及守墓一族传人之一伊西丝·伊修达尔处得到了传说中的三幻神卡之一欧贝利斯克之巨神兵，被伊西丝拜托用海马集团的力量粉碎马利克·伊修达尔领衔的猎卡犯罪组织“古鲁斯”的阴谋。
海马认为自己找到了打败游戏、夺走“决斗王”称号的机会，便用海马集团的力量，在童实野市创办了“战斗城市”大赛，规定决斗的胜者可以得到败者的稀有卡。
使用欧贝里斯克之巨神兵一路横扫对手的海马终于在半决赛中与游戏狭路相逢，并互相用幻神展开激战。
在神与神碰撞的决斗中，海马觉醒了三千年前自己作为古埃及神官——塞特与法老王展开宿命对决的记忆。
最后海马用青眼究极龙与游戏的超魔导剑士-黑暗帕拉丁展开终极对决，还是棋差一招，输给了游戏。
自己的决斗结束后，海马为了帮助游戏获胜，将自己研究出的可以克制太阳神之翼神龙的关键卡恶魔圣域交给了游戏，帮助游戏最终打败了暗马利克。
最后海马炸毁了象征过去对刚三郎的仇恨的决斗塔，驾驶飞机前往美国开始了新旅程。
王之记忆篇
塞特与琪莎拉
前世是3000年前守护古埃及法老王阿图姆的六神官之一，千年锡杖的持有者。
而他不知道自己还有更深一层的身份：他其实是先王阿克卡南的双胞胎弟弟阿克那帝的儿子，阿图姆的堂兄弟。
被邪念侵蚀而变成了黑暗大神官的阿克那帝为了让自己的儿子篡位，杀死琪莎拉对塞特进行洗脑，让他操纵青眼白龙与阿图姆决战。
不过最终琪莎拉用自己的力量消灭了阿克那帝，拯救了塞特。
在阿图姆与暗貘良进行的黑暗rpg游戏中，阿图姆打倒黑暗大神官后已经没有后续的记忆，让塞特继承了自己的王位（在现实历史中应该是阿图姆把自己和黑暗大神官封印进千年积木后塞特继承王位，塞特为了纪念阿图姆，留下了刻有自己和对方的记忆石板）。
结局
在游戏与阿图姆的战斗仪式结束后，海马和弟弟一起出现在了埃及，远远地观望着。
（动画版剧情与原作出入很大。）
tv原创剧情
乃亚篇
乃亚篇
这是在决斗城市的初赛和复赛中出现的插曲。
是海马的养父海马刚三郎的亲生儿子海马乃亚，他为了打败海马，取得肉体在世界上重生，与海马公司的五巨头阴谋商议，和海马在虚拟世界进行的一场较量。
中间乃亚掳走了海马的弟弟海马圭平，海马为此深入虎穴与乃亚单挑。
乃亚给圭平洗脑，用圭平刺激海马让他无法行动。海马为了保住圭平的生命放弃了获胜的机会。
后来由游戏接替海马战胜了乃亚。最后海马濑人单挑海马刚三郎并取胜，回到现实世界。biqμgètν
多玛篇
克里提钨斯之牙
一万年前由于自己深陷黑暗而导致了亚特兰蒂斯的毁灭的亚特兰蒂斯国王达姿来到现世，妄图利用一万年前的奥利哈刚结界组成的牌组夺取人们的灵魂，让奥利哈刚的神苏醒，然后实现他的最终目的——毁灭整个世界，让世历史归零，世界从新开始。
为了打败达姿，海马、暗游戏和城之内在美国陷入苦战，海马得到了传说之龙克里提钨斯。
城之内在战斗中被孔雀舞打败失去灵魂，海马和暗游戏两人独自向达姿挑战。
战斗中海马为了打败镜子骑士让游戏振作起来输给了达姿，失去了灵魂。暗游戏战胜达姿后，海马又和游戏、城之内来到亚特兰蒂斯打败了奥利哈刚神，拯救世界。
kc决斗大会篇
由于海马集团被多玛盗取了卡片资料之后，声誉再次陷入低谷。
为了挽回公司的声誉，也是为了实现海马濑人与弟弟海马圭平在童年时候的梦想，海马集团在美国的海马乐园举办了世界级的“kc”杯决斗大赛。
此时，一个巨大的阴谋正在蠢蠢欲动，那就是同海马集团的竞争对手的修雷达公司的社长吉克·修雷达妄图通过破坏本次比赛和海马集团的所有资料而搞垮海马集团，被海马发觉，海马因此在冠军赛上打败了吉克。
但是吉克的弟弟却进入了与暗游戏争夺决斗王的比赛，中途海马公司的主电脑遭遇吉克设下的病毒，海马因此离场处理这件事。
决斗结束前海马成功修复了电脑，游戏也打败了对手仍然保持“决斗王”的名号。
王之记忆篇（动画版）
受暗貘良的邀请，海马来到埃及加入了以貘良和暗游戏为主角的“究极的黑暗游戏”，并因此看到了自己的前世——神官塞特。
邪神佐克出现之前一直作为旁观者观看这场决斗，最后艾克佐迪亚（黑暗大法师）三幻神和塞特持有的青眼白龙接连失败，为了拯救世界，海马召唤出了青眼究极龙与佐