后来中都营建工程量实在太大，百姓们多有怨言，且当时跟着朱元璋打天下的淮西勋贵集团大多也不赞同，这件事也就不了了之。
只是让人啼笑皆非的是，随着靖难之战的发生，大明朝从实际上形成了真正的两京制度，且金陵反而成为了陪都，也就使得金陵的防卫体系发生了重大变化。
与六部衙门一般，大明朝在金陵同样也有一套京营体系，其中陆营主要集中在大小教场，后来又设立了新江口水操营，其中原本驻守在金陵的一部分京营调到了燕京，剩下的一部分则留在了金陵。
不过让人颇为玩味的是，金陵城内的卫所军在迁都后大大减少，可是南直隶其他卫所的军队人数却反而增加了许多，另外这些京营兵当中，还有很多是负责屯田和漕运，真正每日操练的军队并不多。