黄承玄认为必须加强澎湖巡检所，必要时候当在那里设参将管辖，多派强壮兵丁，增设水营，官兵轮训，不使长期驻扎，这样就不会有长驻官兵因隔海无归偷偷弃营逃跑。
黄又提议，鉴于福建实在是贫困，百姓出路不多，故当派兵往鸡笼（台湾）驱赶倭寇海盗及西夷诸盗，一方面从福建迁移汉民开垦鸡笼，另一方面则教化当地土著，如此便能使鸡笼成为福建百姓生活出路。鸡笼气候适宜，只要朝廷坚持此策，不须数十年，只需二十年左右，鸡笼必定能沃土千里。
上完此疏后，黄承玄便召福建水师提督侯安之前来抚衙，见面之后开口便问侯安之：“闽兵还能战否？”
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