哲一同入阁的大学士吴道南天生胆小，入京参赞机务至今无有任何作为，百官早不把他当一回事，因而便导致了方从哲现在成了“独相”的局面。 接到辽东和蓟辽总督的前后公文后，方从哲备感头疼，虽然辽东巡抚和蓟辽总督看法一致，都认为当同意建州仿朝鲜例称臣纳贡，但方从哲却感到二者建议怕是通不过皇帝。 因为，皇帝是极度贪财，也是极度好战的。 另外，辽东巡抚李维翰的奏疏最后还弹劾提督海事太监魏良臣擅杀广宁守备石廷柱、游击孙得功、参军金励、诸生郭肇基一事，请求朝廷予以法办。 这就更让方从哲头疼了。