1、Linux操作系统的高性能运算为超级计算机发挥作用提供了坚实的基础，也是超级计算机系统不可或缺的特质之一。
2、Linux操作系统是“开放源代码”，这意味着使用者可以根据自身的需要，适当的修改代码，从而达到所需要的目的。
3、Linux操作系统是没有授权费用的，这就会大大降低制造超级计算机的成本，这也为超级计算机走向商业化做了很好的铺垫。
假使使用其他操作系统，昂贵的授权费用在研制阶段或许可以承担，但走向商业，前途就会一片渺茫。
4、Linux操作系统有着很好的兼容性，几乎可以在任何硬件上都顺畅运行，减少了许多不必要的麻烦。