民乱很快呈燎原之势，战火燃遍了陕西全境！
帝启用卢象升为陕西总督，拨款白银三百万两，命其全力赈灾，弹压民变，首恶者杀无赦。
九月，陕西大捷，高迎祥、王嘉胤、王自用等暴民首领，皆战死于乱军之中。
十二月，金人寇边关，孙承宗以袁崇焕、满桂、祖大寿等人为将，拒敌于宁远城外，此战由于孙承宗的谨慎和犹豫，错失挫敌良机。帝闻之，斥责孙承宗，提议在内阁外另设军机处，遭百官反对而无果。
崇祯二年元月初八，丁皇后诞下皇子，取名朱慈恒，举国同庆。
同年四月，张献忠在定边县聚集十八寨农民发动民变，自号“八大王”。李自成在米脂县响应，一时，陕西战事再起，二者一路裹挟流民，聚众三万。
帝大怒，卢象升身为陕西总督，没能第一时间做出反应，此为其一，奏折经内阁层层上报，错失最佳剿灭民乱时机，此为其二，内阁首辅严佩韦不知兵事，未能重视，此为其三，帝令严佩韦致仕，再提设立军机处一事，无人敢反对。