于是在1587年6月19日豊臣秀吉发布《伴天连追放令》，命令耶稣会传教士立即停止传教，并且必须在20日内离开日本本土。最后竟然捣毁了京都等地的教堂。
无奈弗洛伊斯只能来到长崎定居。
1590年，弗洛伊斯偕同归国的天正遣欧少年使节及范礼安在聚乐第会见了丰臣秀吉。
1592年与范礼安一起远渡澳门，1595年返回长崎。
1597年留下了“二十六圣人殉教记”的最后报告后于7月8日逝世，享年65岁。
总的来说，弗洛伊斯作为日本历史的亲历者和见证者，记录的可信度还是有保证的，但作为一名西方传教士，主观方面也肯定存在一定的偏见。
弗洛伊斯作为当时在日的西方传教士，不少事件及人物都是他亲眼所见和亲身经历的，所以虽然可能对于信奉了基督教的大名有所美化外，总体上来说其记录内容可信度还是非常高的的。
《日本史》作为记录时事的一次史料，历来也受到战国史研究家的重视。不少书籍中对于弗洛伊斯的《日本史》以及其经手作品中的记录有也是多有引用，比如对于明智光秀的评价、织田信长意图编成舰队入侵大明等等。
作为直接面见过信长的人，其记录的可信性更是无法忽视，所以弗洛伊斯所著的《日本史》被认为是可信度高的宝贵资料。
不过虽然弗洛伊斯编著《日本史》一事当时的关联人几乎都知道的，但是其原稿一直没有被发现。
直至1894年或1895年，研究耶稣会史的历史学家库洛在葡萄牙首都里斯本西郊的阿究达王宫图书馆中偶然发现了《日本史》第一部424页的写本，之后誊写本被林林总总的发现。
这本书里面的内容大多是弗洛伊斯本人的亲身经历。1562年-1597年，整整35年的在日经历，他见证了战国时代的许多大事，包括本能寺之变，丰臣秀吉的去世，二十六圣人殉教等，对日本的社会风俗习惯也有不少的考察与认识。从这个角度来看，弗洛伊斯的可信度是比较高的。
所以当我得知坐在我面前的这个传教士是路易斯弗洛伊斯的时候，内心是非常惊讶的。
大人物啊！能在历史上留下名号并且做出一番功绩的人，能是泛泛之辈么。