在这个紧要关头，从马山馆撤下来救援的明东征左副总兵：杨元、明东征左副总兵左参将：郑文彬、明东征左副总兵监军：王鲁希，率领的援军终于赶到了，从倭军尚未合拢的北面一气杀入，为被困的明军们打出了一条后退的生路。
这支援军带有自己本部的一千骑兵。
此时明东征提督觉得反击的机会来了，他并没有打算撤退，而是继续试图整军出击，但幕府治部少辅：吉川广家、幕府代总大将：户川达安、幕府三河守：吉见元赖、幕府左卫门佐：天野五郎兵、幕府右兵卫尉：三吉殿、幕府周防守：佐波殿，等倭军将领纷纷上前夹击。
这让明军有些招架不住了！毕竟没带火炮以及火箭、战车，故此明东征提督见倭军势大，一时间不能抵挡。
而仅在明军后方跟随的李氏朝鲜都元帅：金命元，则带领一百名李氏朝鲜军队负责观战，全程不敢参与作战，与李氏朝鲜京畿右道防御使：高彦伯，汇合之后开始远处放箭。
很快明军就向北方的惠阴岭撤退，在被倭军追击了一段路后，亦于酉时回到了王京，至此「碧蹄馆之战」画下序幕。
战乱过后，明东征提督通过审问倭军俘虏以及截获李氏朝鲜文书中所得情报，重新估计了一下倭军人数，他断定李氏朝鲜官员说谎，并且还发现→射伤我之家丁及马匹者，俱是尔国之箭！
这充分的说明了，有李氏朝鲜人在帮助倭军作战，让他非常失望。
正月28日，明东征提督在上报战况给朝廷兵部怒斥李氏朝鲜的文书后，便返回了临津江重新布防。
2月初6日，明神宗：朱翊钧，为了堵住群臣的嘴稳定局面，也想把明皇三子：朱常洵，留在京中暂不封为亲王就藩，便下诏暂停三位皇子并封王之皇命。
2月14日，跟随入李氏朝鲜王国作战的明南镇抚司锦衣卫指挥使：史世用，派出的南镇抚司锦衣卫队侦查，得到情报称；李氏朝鲜京畿右道汉城府王京内，有倭军二十万人，且声言幕府关白：丰臣秀吉，欲要亲自出征李氏朝鲜王国？
为此明东征提督当即下令诸将们，分布在各处要害之地，扼守大同江等处，又得知幕府兵库小允：平秀嘉，占据了龙山县，囤积仓米数十万石，而龙山大仓本为李氏朝鲜王国的大仓，里面囤积了李氏朝鲜王国数十年的粮食。
在京畿右道汉城府被倭军占领后，龙山大仓就成为了汉城府倭军的军粮库，后来倭军运来的粮食都存放于此地。
明东征提督得到了这一情报后，即刻密令明辽东总镇右副总兵：查大受，明御倭副总兵：李如梅，率领敢死队7百名勇士，深夜奇袭龙山大仓。
十三座大仓，数十万石粮食，一夜之间尽被焚烧得干干净净，军粮一失让李氏朝鲜王国半岛的倭军们全线进入被动状态，陷入到了前所未有的困境之中
倭军不得已，于4月18日彻底搜刮不到粮食之后，商议决定撤离京畿右道汉城府王京，退守尚庆左道庆州府釜山浦地区。
在侵朝倭军退出王京之后，明东征提督就遣将分扼要害，以明东宁卫右参将：李宁、明辽东总镇左副总兵：祖承训，据守在京畿右道开府城，明东征左副总兵：杨元，据守在平安西道平壤府，明东征右副总兵：李如柏，据守在咸镜北道宝山县、明辽东总镇右副总兵：查大受，据守在黄海左道临津江一带，明四川副总兵：刘綎，据守在尚庆左道庆州府釜山浦海口，李氏朝鲜王国战局至此略定。
4月20日，明辽东经略：宋应昌，明东征提督：李如松，两人商议之后决定再派明御倭游击将军兼通事：沈惟敬，前往倭军大本营中议和。
临行前明辽东经略特意交待道“此间和议，汝既专主，吾不当欺李氏朝鲜，亦不敢诬朝廷，尔须率策士五人，领倭众归幕府，受关白降书以来，本部院得此，定会转奏，请旨册封关白为郡王，使之进贡，勿令误事。”
由此可见，明辽东经略赋予了明御倭游击将军与幕府交涉的目地，一是要求倭军从李氏朝鲜王国撤兵，二是要求幕府关白向大明帝国送来投降书。
而作为大明回报的条件，则是册封幕府关白为幕府国大明郡王，同时准许幕府向大明进行朝贡贸易。
恰好幕府关白也是这么想的，觉得既然拿不下李氏朝鲜王国，又有地方战乱尸体没有处理，还与明军们死磕也不是办法！只能采取休养生息之策，便也同意了双方再次议和。
这次和谈，在5月16日有了初步的结果，由于明辽东经略与明东征提督继续率军南下压境，驱除倭军出全罗左道南原郡、尚庆右道晋州牧，迫使倭军主力从庆州府釜山浦移驻到熊川郡西生浦。
为了不被明军追击，倭军方面同意释放被俘虏的李氏朝鲜庶长子临海大君：李珒，李氏朝鲜庶六子顺和大君：李，这两位王子和李氏朝鲜兵曹判书：黄廷彧，等人。
同时幕府关白还派遣了