最后，丰后水军众阵亡达六百余人，大友家最为重要的水军众也在此战中被彻底歼灭，别府湾海面尽赤。
因小早川隆景、九鬼嘉隆等人深知葡萄牙战船并未参战，也不清楚葡萄牙战船的数量以及沿海地区大友家所配置的兵力、火器，就不敢继续趁胜攻入沿海地带，便见好就收，退往别府湾外围进行封锁，并向景定上报此战所获得的战果。
而这时的景定为了施加上杉将军家在南九州三国的影响力，在听闻原松尾城城主土持亲成率土持一族因奋力抵抗大友家南下侵攻北日向而先后阵亡一事，便特意从土持家庶流中找到了土持亲成的族侄土持亲纲，让其继承土持家家督以及担任松尾城城主。