在过去，&ldo;始源终极龙&rdo;因子民的祈求，赐予众生自己的决斗怪兽力量。但人们却靠着决斗怪兽的力量开始争夺利益，它一时的仁慈反而带来了无尽的纷争。
感到后悔的&ldo;始源终极龙&rdo;开始了摧毁世界的进程，企图在虚无中再次创造出完美和平的新世界。不再拥有纷争、恶念，只保留纯真、善良的新生命。
&ldo;始源终极龙&rdo;开始控制决斗怪兽们毁灭世界，深受其害的人们恐惧地将之称为&ldo;破灭之光&rdo;，&ldo;始源终极龙&rdo;之名亦不在流传。
就在那时，世界却诞生了为了守护世界而与之抗争的决斗者这样的善良存在，他们集结了全宇宙的生命，以除了极少数特殊生灵外，其他所有人失去决斗怪兽力量为代价，让决斗怪兽变成了普通的卡片，封印了&ldo;始源终极龙&rdo;，这是否反而验证了执意摧毁一切的&ldo;始源终极龙&rdo;，早已沦为自身最为厌恶的&ldo;恶之存在&rdo;?
&ldo;始源终极龙&rdo;在被封印前质问自己，它一心创造美好，怎么会是恶？自己做的到底是对还是错？
它要抉择到底，它要寻找答案！