朝廷因为没钱，负担不起这支军队的消耗，于是就把这支浙军解散了，当然也留用了一部分。
其中一部，也就是戚金所部，其中的主要组成部分就是浙军，不过最后也在浑河桥之战时全军覆没，戚金自己也在此役中殉国。
所以，当时由军户组成的军中，还真是藏污纳垢的，到后期，因为军户的流失，员额不足，但凡是在外面混不下去的人或者是犯了事的，纷纷冒名混入军户，以逃避法办，而官府因为政绩需要对此也是睁只眼闭只眼，于是，军队就成了藏污纳垢之地，战力就愈发低下了，直至整个军囤制毁坏。
到嘉靖三十二年时，百来名倭寇从会稽劫杭州，窜入徽州歙县，至绩溪、旌德，屠掠泾县至南陵再到芜湖，在南岸大肆烧杀之后，由太平府杀到应天府。
这伙倭寇暴走了前后八十余天，三千多里路。
沿途多达十二万明军愣是不敢出城迎战。
所以，后来朝廷只能靠戚继光募集浙兵，来剿灭倭寇。