直到吴争率兵回援时，马建忠还带着身边三、四十亲信，在负隅顽抗。
吴争带人上了城墙后，下令以从码头得到的火枪，对这三、四十人，来了个排队枪毙，才消灭了这几十个铁杆汉奸。
至此，这场出乎预料的叛乱，终于结束了。
此战，民众伤亡一百六十一人，其中县衙前大街五十七人，包括徐里正。码头搬运工伤亡一百零四人，包括老张头的两位兄弟。
衙役伤亡二十四人。
府兵伤亡三百十七人，金山卫鲁之域部伤亡二十九人。
共计军民伤亡五百三十一人。
歼灭清兵六百余人，俘虏一百八十九人，另擒获陈洪范、孙正强，抓捕其余通敌商人共十七人。
缴获火枪五千余杆，火炮七十八门。
在县衙府库搜出黄金三千两，白银九万多两。
抄没通敌十七家商人，共得黄金七千余两，白银高达八十七万两之巨。
商人家眷没入贱籍，解往新城为苦力、劳役。
吴争下令，在秀水码头一里处，建英魂冢、立七尺碑，碑上书八个鲜红大字——民族英雄，永垂不朽！