就在这时，李自成与过天星，混天王等分兵三路，突然入川，连破数城，趁着秦良玉被土司拖住，大军围住了成都府，昼夜强攻不休。
不过五天，攻克剑州，绵州，江油三十余州县，一时间民乱大起，西北大震，四川是岌岌可危。
熊文灿立即督军，联合秦良玉救援，步步为营，在成都府大败李自成，李自成攻不下成都，一路退回陕北。
熊文灿入主四川，决意剿抚并用，四处发榜，言称‘心示众家贼，待以不死’，只要投降，保证不死。
朝廷是主剿的，消息传到京师，崇祯大怒，周正连上五道奏疏，陈述西北之患，为熊文灿辩解，暂时算挡住了朝廷的压力。
八月中，卢象升带领天雄军以及左光先，曹变蛟大军清扫绥北，而后挥兵西进，进攻凤翔府。