托托杯，决赛终于击败拉科鲁尼亚，再获欧洲联盟杯的参赛权。然而这却影响了马赛在法甲的表现，实力与成绩落后于里昂、摩纳哥及巴黎圣日耳曼等球队，夺冠的机会越来越渺茫。直至之后的一个赛季，马赛在季初的表现突出，在积分榜上更直迫里昂，最终取得联赛亚军，成功于 2007/08 赛季重返欧洲冠军杯赛场。 马赛在2009/10赛季夺取法国联赛杯冠军，成为俱乐部十七年来首个重要赛事的锦标，同一赛季马赛事隔十八年后再度夺得法甲联赛冠军。