轻的三次出战冠军杯决赛的球员。 2013年3月31日德甲第二十七轮，拜仁九比二大胜汉堡，穆勒在汉堡队禁区上演了一幕狗刨式突破法，连滚带爬地晃过了汉堡队两名防守球员，这一幕也让球迷们开心不已，2013-14赛季德甲联赛中穆勒出场二十九次，打进十三粒进球，贡献十次助攻，帮助拜仁慕尼黑卫冕德甲冠军。 在欧冠联赛中穆勒出场十二次，打进五粒进球，贡献一次助攻，却依然无法阻止拜仁慕尼黑在欧冠半决赛两回合零比五惨败给本届欧冠冠军皇家马德里，在德国杯中穆勒出场六次，打进八球，帮助拜仁慕尼黑夺取德国杯冠军并夺取德国杯金靴。