1939至1945年第二次世界大战期间，一个战时足球联赛成立。曼城参加北部联赛。老特拉福德球场的严重损害意味着曼联不得不在缅因路进行主场比赛，但是当这两支球队相遇时，曼城从来不允许曼联使用主队更衣室。
1947年曼城以乙级联赛冠军晋级至甲级联赛，1949年曼城足球俱乐部官方球迷俱乐部成立。
1955年曼城在温布利足总杯决赛中输给纽卡斯尔联队，与足总杯冠军失之交臂。
1956年蓝月亮连续第二个赛季进入足总杯决赛，这一次三比一击败伯明翰成功捧杯，曼城球员回来后的庆祝游行第一次由格林纳达电视台全场直播。1958年慕尼黑坠机惨案使曼联一队遭受重创，同时也夺走了几位记者的生命，其中包括曼城前门将弗兰克·斯维夫特。