任职智利FA，并负责培训U20青年队。 20世纪90年代初“工程师“在帕莱斯蒂诺和奥希金斯执教期间也卓有成就，但执教曾六次夺得联赛冠军的智利大学队的两年经历给“工程师“的执教能力蒙上了一层阴影。此后曼努埃尔带领阿科斯塔和内斯托尔·果洛希托这两位球星并在阿甲联赛中连续两次夺得亚军，此外还在1994年的美洲洲际杯中捧起个人首次个人执教的冠军奖杯，接下去一年里，“工程师“又在智利冠军杯中得冠。 “工程师“的一系列成就引起了厄瓜多尔基多体育大学队的关注并于在1998年被球队聘任为教练。“工程师“很快带领球队取得了首次联赛冠军。