球场面对升班马谢菲尔德联队的比赛中，贝尔巴托夫就攻入他个人在英超赛场的处子球。贝尔巴托夫一开始在联赛里表现一般，但是在联盟杯比赛中表现非常抢眼，帮助球队挤身欧洲联盟杯四分之一决赛，在对阵土耳其的贝西克塔斯和比利时的布鲁日都获得了最佳球员，在所参加过的八场联盟杯比赛中打进了七个球。在赛季末，贝尔巴托夫各项比赛出场四十九次并打进二十三球，此外还有十二次助攻的数据，成功当选了2006-07赛季的英超最佳球员，同时被评选入英超当季最佳阵容。