最终在一个废弃的KTV后巷仓库中，我和孙爱奇直面对决，在一场竭力的战斗中，喵子为助我而死，我取下了孙爱奇的两个手指作为结束战斗的标志。
无力起身的我，由雷羽背着爬过下水道躲避丧尸，出来后我们又遭遇了一只变异长毛大猩猩，在奔逃中我们躲进了一个工厂内的简易板房，发现子青已经要变异了。
正当狄岩安抚了子青的情绪，准备亲手结果他的时候，变异猩猩追来袭击了我们，在板房二层杀死了子青，雷羽在奋力一搏下杀死了变异猩猩。
随后第二只变异猩猩再次出现，这一次谁都无力再战了，就在这时，工厂里不知哪里的枪声响起，变异猩猩被.爆.头身亡，但他庞大的身躯砸毁了二层地板，我们全都掉了下去。
我们被工厂内的一伙幸存者救下，在这里我发现了自己的人格分裂症，开始用阴暗的一面来面对现实。同时我们在这遇到了小七的妹妹安亦，一个身手高强的小萝莉。
离开工厂后，我们在一个楼里遇到了林月在国外上学时的朋友，随后众人终于到达了玉天市安全所，在这里我和林月温存了一夜，等到第二天再继续奔波。
PanGu五人组已经获取了D病毒进化资料，还需抗体资料。随即和蒙先生通电，让蒙先生在玉天市安全所以其手中的D病毒抗体U盘交换布雷亚，蒙先生和Simon在此设伏偷袭了对方，救回布雷亚并杀死五人组成员之一。
PanGu五人组还剩四人，他们气急败坏立即联系杜长峰，将事情汇报，杜长峰利用职权制作一份假情报，误导时任基地最高领导古兴国，古兴国签署命令，责令基地空军前往玉天市安全所发动空.袭。
在这场空袭中，蒙先生和布雷亚侥幸脱逃，而Simon却葬身于此。蒙先生令布雷亚携带D病毒抗体U盘离开我国，自己则前往青洋市基地，伺机对PanGu四人及杜长峰发动报复行动。
空.袭中受到牵连的还有我的队伍，在漫天的炮火声中，雷羽被倒塌的石柱压死，苏柒被地下停车场的怪物咬死，狄岩和小雨失散，叶子被丧尸咬伤，为了让我和林月还有学长三人顺利逃走，她独自引开了空中的乌鸦群，最后也因此而死。
逃亡中，我体力不支倒下了，昏迷期间林月杀死了对她图谋不轨的学长，独自带着我逃亡。
在一家快捷酒店中，我身体恢复醒来后再没看见林月，只发现了林月纸条上的遗言，随后才在对面房间发现自锁在卫生间里的女孩。
一把大火烧尽了酒店，也烧尽我所有生的希望，在游荡中我再次遇到了久违的敖翔，趴在他的怀中嚎啕大哭。
被敖翔救下后，他队伍里的赵欣月照顾了我一阵，我醒来却像个生人勿进的刺猬，用言语和肢体伤害着每一个接近我的人。
离开的敖翔的队伍，我一个人奔着死的想法到处游荡，甚至一度站在高楼窗口，思考要不要跳下去，最终还是退缩了。
在阴暗人格崩溃的这段时间，另一层人格重新出来掌控了我的意识。为了生存，我偷食物抢饮水，为了一口粮食我可以卑贱到没有底线，直到我遇上了一只大黄狗，开始相互结伴。
随后我回到了当初队伍遭到空.袭的地方，独自一人面对咬死苏柒的那种长毛怪，费劲全力杀死了他，这一战让我重新拾回自信，以及生存下去的动力。
这段时间，敖翔和他的队伍到达了青洋市人类基地，其后不久便参加了基地搜索队，并且结识了基地天使郭雅，以及吴炳昊，并将吴收为助手。
青洋市人类基地遭遇尸群攻城，两座由内陆通往基地西部正门的跨河大桥，其中一座成为尸群主要到达基地城门下的通路，基地搜索队原队长意图.炸.毁大桥未遂而牺牲，敖翔吴炳昊两人冒死前往大桥将其.炸.毁，敖翔因此成为基地的英雄，流芳百里。
青洋市人类基地经此一役，时任最高领导古兴国离奇死亡，随后由其前秘书杜长峰接任基地领导，并未经BJ同意便擅自提升参谋长杨革平为少将，主管基地.军.务。PanGu五人组在杜长峰的支持下建立了秘密研究所，专项研究D病毒进化理论。
冥燕博士在青洋市基地继续研究D病毒抗体，而后发现有人利用她的研究非法研制D病毒进化事宜，并在各大医院暗中转移无名尸体进行人体实验，冥燕博士无法容忍这种丧尽天良的行为，盗取了一切有关抗体和进化的资料，逃出实验室。
逃亡中的冥燕博士找到了我的父亲石傲雄，将资料交托给他，自己再次逃走，却在逃亡中不幸死亡。
我爸得知了基地暗中的勾当，和同伴们一起建立了生命守卫联盟，暗中对抗杜长峰和PanGu组织，保护D病毒相关资料。
在玉天市，我和黄狗相依为命生活了一阵子，之后遇到了被人挟持的窦洋，救下她以后得知在玉天市南部有一个安全据点。和窦洋一起前往安全据点，玉天市海港家湾酒店。
到达酒店后我得知窦洋是据点领导人窦长生的孙女，借