当地参将李仕奇，料定叛军必过武隆，在凭城据守时也多次率部出击。
樊龙急行军支援南川战场时路过武隆山路，李仕奇虽不是本地人，但驻守武隆多年，对武隆山谷甚为熟悉。
得知叛军经过武隆是为了偷袭亲征军，李仕奇率部尽出，在山谷中将叛军团团围困。
樊龙虽然力战，但明军火器犀利，又是提前设伏，最后被铳、炮轰死于乱军之中，余部溃散。
南川战场上其余那些人马，一路被西翼的戚金反客为主，引诱入谷，遭到全歼。
石滩那路则是在与陈策的对弈中，逐步落入下风，被分割包围，逐步消灭。
至于奢崇明率领偷袭的万余精锐，被朱由校领御营出阵击溃，仓皇之中，收拢了两千余人，向播州宣慰司境内退去。
余下四散溃败的叛军，大部分都是在退却的途中被官军骑兵追赶歼灭。
童仲揆、刘元斌、孙宏基、李世基等将率领骑兵，星夜追杀了二十余里，接到陈策的命令，方才不再追赶，去与大军会合。
经过一日一夜的对阵，亲征军获得最终胜利，继而收复整个南川，奠定了平定四川的局势。
整军休息几日后，朱由校率军拔营，挥师向北。
行军几日后，亲征军来到距重庆城不足一日路程的地方。
也就是在这时，城中一场针对巡抚徐可求的大规模兵变，在诸多将官的纵容、默许下爆发了。