因“白水举义”乃是天启王朝第一件惊天动地的饥民造反之事，关系重大，在处理的问题上，朝廷也是费尽心机。
最后，师爷方洲作为蛊惑者，被处以夷平三族的极高刑罚，而县令孙以智，则从宽处理，只诛杀了九族。
朱由校责令工部重建白水县城，有意重开陆上丝绸之路。
近期，随着蒙古诸部的相继臣服，以及察哈尔部林丹汗的北迁，塞北几无战事，朝中大臣也在商讨，是否应该重开路上丝绸之路。
而白水地处丝绸之路要道，重开丝绸之路虽然困难重重，但是其对大明的意义之重大，朱由校心里也是清楚。
至此，白水之事算是告一段落。
但这只是世人眼中看到的，这也是朱由校想让他们看到的。
就在全天下都在歌颂皇帝处理此事的英明果断时，朱由校却并没有打算离开陕西。
陕西的官员们惊恐地发现，天启皇帝似乎只是借着这件事当做借口来到地方，至于接下来要干什么，这自然不言而喻。
皇帝及勇卫营已经离开白水，但是白水城内的清算行动并未结束。
陕西督办司来到白水，清查知县孙家并师爷方家全部家人及财产，太原总兵高业派遣贺人龙部进驻白水城内，维持治安。
一连几日，白水城内都是人头滚滚、血流成河。
方、孙这两家被督办司持圣旨株连，总共杀了三百多人。