北辰一刀流作为典型的现代意义上的剑道流派，积极改良竹剑和护具，制定对战规则，为近代剑道发展奠定了大量的基础。
天然理心流则源自古武术，在平日练习中更趋向于真刀对练，可谓是在腥风血雨中搏杀出来、以无招胜有招的剑道。
自幕末时期起，不光是剑术理念水火不容，两派的剑客更因为政治理念不同而争斗不断。
当时，“侍卫馆”的天然理心流剑客多为“佐幕派”，而北辰一刀流“玄武馆”门下则是“尊皇攘夷”志士辈出。
以“尊王敬幕攘夷”为初衷成立的新选组内部，在以芹泽鸭为首的神道无念流一系被内部肃清后，剩下的成员大抵可以分为两派……
以近藤勇、土方岁三、冲田总司、斋藤一等人为首的天然理心流……
包括山南敬助、伊东甲子太郎、武田观柳斋、藤堂平助、铃木三树三郎在内的北辰一刀流。
其中，伊东甲子太郎、藤堂平助一派，因为其与近藤勇等人理念不合，在新选组改革时选择脱队成为御陵卫士，因而违反了土方岁三立下的“局中法度”，而被最强刺客斋藤一肃清。
而担任过新选组总长的山南敬助，也是因为理念问题擅自脱队，最终被冲田总司带回，按“局中法度”亲自介错切腹而死。
除新选组成员之外，北辰一刀流门下，还有提出“船中八策”的坂本龙马、创办虎尾会的清河八郎等众多鼎鼎大名的维新志士，可谓是“倒幕专业户”的老巢。