但关于导弹武器的最致命缺点，直到现在星际联邦也没有解决，那就是载弹量和持续作战能力的问题，虽然相位导弹的威力非常恐怖，但一艘飞船的体积是有限的，它不可能无限制的携带导弹，所以打光了弹药之后，它就会失去战斗能力。
所以星际联邦的舰队在统一这半个宇宙的过程中，几乎都是闪电战，因为他们打不了持久战，除非是在本土星球作战，能够随时得到补给，否则一旦短时间内无法取胜，那他们就只能撤兵了。
也正是因为这个明显的缺点，所以其他文明几乎都没有采用相位导弹作为主武器，在以往的战斗中，博格人的舰队指挥官已经形成了固定的思维模式，所以他理所当然的认为小型战舰不具备强大的火力，但星际联邦的战舰显然例外，他们的小型飞船一样火力强劲，只不过是持续作战能力更差罢了。