同时，朱由检还对内阁的决策机制进行了改革。
改革后，内阁诸臣对于各自负责之事务，拥有独立票拟权，但遇个人难以抉择之事，亦可请首辅召开内阁办公会议，内阁诸臣共议。
若议之不决，由内阁首辅主持票决，诸阁臣一票，首辅双票，依票决结果，由内阁首辅形成集体票拟。
而且，朱由检为了减轻自己的压力，还将每日朝会改为每月一次，日常事务改为仅由内阁诸臣参加的小朝会决断。
每日巳时，朱由检在乾清宫主持召开小朝会，内阁诸臣依次汇报各自票拟之事务，朱由检现场披红。
如遇不决之事，亦可与内阁诸公共议，必要时扩大至六部九卿参加。
另外，为了增强内阁的办公效率，朱由检还增加了内阁办公人员的数量。
每位内阁辅臣下，配一值房司，每一值房司设都秘书郎一名、左右秘书郎各一名、书密四名。
八人服务一个内阁大臣，朱由检觉得应该可以了。
此外，朱由检还为每位阁臣配备供奉太监两名，一来掌管内阁诸臣及秘书郎衣食起居，二来自然即是耳目了。