不过肥前国的这些内部争斗，对于以海汉为首的联军来说已经无足轻重了。虽然他们未能在此次的东征行动中全歼目标人物，但打击平户藩和十八芝余党的战略目的却已基本达成，而且毁掉了对手的基本盘，几乎没有再留给对手东山再起的机会。
联军在行动期间所花销的军费，通过战后从平户当地缴获的海量物资找补回了一部分，此外数千被运出平户的日本民众，对海汉而言也是一笔不小的收入。海汉在北方的各处统治区吸纳移民的速度都正处于放缓状态，这些日本人分配安置到各地后也可以稍稍缓解当地的人口需求。不过按照海汉的现行民政制度，这个群体若想获得海汉国籍，还需慢慢熬过一段苦日子才行。
西归的联军舰队并未放过五岛列岛，花了三天时间将各岛上的民众强制集中起来，也作为战利品一并运走。被海汉这一番搜刮之后，平户岛和五岛列岛的人口规模直接倒退到了几个世纪之前的水平。