不过佐世保湾的短板也非常明显，其所在的位置并不是地理要冲，而是位于整个日本国土的最西端，在这里建立基地难以有对千里之外的京都、江户这些重要城市产生影响。而且当地没有多少常驻人口，开发建设阶段需要从外地迁入大量劳动力，这对于讲求性价比的海汉来说就有点不值了。
海汉高层还有一种观点，如果将来真要在九州岛建立殖民港，与其选择毫无基础的佐世保湾，倒不如索性攻占长崎，拿下这个现成的贸易港。
长崎港距离佐世保湾不过百里，港湾的自然条件也不差，而且在经过了六七十年的开发建设之后，人口规模和港口设施都很符合海汉的要求。