于是，赛典赤让一个人先返回王府，禀告宗王。
宗王对赛典赤的做法十分钦佩，拱手交出了管理大权。
从此，云南打破了盘根错节的关系网，政令只听赛典赤一个人的指示，提高了行政管理的效率。
赛典赤抵达云南以后因地制宜，实行了一系列重大的政治改革。
赛典赤向朝廷呈奏道：“云南诸夷未归附者还有许多，今准备让宣慰司兼行元帅府事，听行省指挥。建议将大理(哈剌章)、云南地方的万户和千户改为州县长官。”
朝廷采纳了他的这些建议。
赛典赤将大理国的区域改设为云南行中书省，后来简称云南行省。他在全省设置郡县制，把原统治全省的军事单位总管府、万户府、千户所改立为相应的路、州、县行政区域，削弱了一贯强大的地方割据势力，用各民族的贵族头人与朝廷委派的官员相结合的方式任命官员，改观了一度纷乱的局面。
赛典赤十分重视培养民族官员。建立云南行省之后，除了省会中庆保留朝廷任命的流官，几乎所有的路、府、州、县的官员都是由原来的民族首领担任的，同时规定每3年对能安抚地方、使境内太平无事的人升一级官职。
1276年，赛典赤把省会从大理迁到了中庆（今天的昆明）。
他主持兴修水利。首先消除滇池盆地的水患，疏浚河流，建设坝闸节水分洪。其次重新修理大理国开挖的金汁河和银汁河，分流灌溉，使洪水受人的控制。再次在滇池的下游，清除出水口的淤泥、砂石，整治河道险阻，使滇池的水可以顺畅地流入金沙江，避免了城市涝灾，同时“得壤地万余顷，皆为良田”。
历时3年、用工2000多人的宏大工程完工后，滇池周边的地区一片富饶景象，赛过江南的鱼米之乡。史籍上说是到了牛马成群、狗也吃肉、鱼虾之多可拿来肥田的地步。
入滇伊始，赛典赤积极兴办教育，创建云南历史上第一座孔庙，购买书籍，迎请四川教师，每期招收150名学生。不遗余力地传播先进文化。当地的少数民族也纷纷送来自己的孩子学习。
云南当时的风俗与内地不同，男女往往自相配偶；父母死则实行火葬，也不祭奠；当地不种植稻谷桑麻；子弟也不知读书。
赛典赤教他们行跪拜礼，婚姻由媒人从中介绍结合，死者以棺安葬，进行祭奠，教民种植。
云南民间习惯以贝为钱。官府计划发行纸钞，遭到了百姓的反对。
赛典赤如实向朝廷报告，请允许云南仍旧通行贝币。
云南的山路险远，盗贼出设，旅客通行十分不便。
赛典赤选择在一些适当的地方建立城镇，每个城镇以当地的酋长为吏，一人为百夫长，负责治安。如果行人在这里遭到抢劫，则要治问这二人的罪。
个别少数土著官吏抱怨赛典赤依法治滇，跑到大都向朝廷诬告他专断独行。
朝廷知道这是诬告，将他们押回云南送交赛典赤处治。
赛典赤却把他们全都释放了，仍旧委任他们为官。
这伙人叩头拜谢道：“我们诬告大人，本有死罪。今平章不杀，还让我们为官，我等当誓死报效。”
赛典赤主政云南的时候，云南周边的战事断时续，外交往来常存芥蒂。
藩属国安南经常发动叛乱。
湖广行省多次派兵征讨，效果都不明显。
于是，赛典赤派人出使安南，讲明叛乱必招祸、归服必有福的道理，约定与安南结为兄弟。
安南的国王非常高兴，亲自来到云南访问。
赛典赤到中庆的郊外迎接，以贵宾相待。
安南国王高兴地答应永远要成为大元的藩臣。
一次，萝甸发生了叛乱。
赛典赤率领元军前去讨伐。一路上，他面带忧愁，沉默不语。
随行的将官问他何故。
赛典赤回答道：“我并非为出征而忧，忧的是你们可能在战争中牺牲，忧的是你们会掳掠平民、使他们不得聊生，必将重新反叛，则又要兴兵征讨。”
元军围困了萝城三天，守军仍然不可投降。
元军诸将要求攻打萝城。
赛典赤没有立刻批准，而是派人前去劝降。
萝甸的酋长满口答应归降，但是，过了三天仍然不见行动。
元军诸将再次请求进攻萝城。
赛典赤还是不予批准。
一个将士不听指挥，擅自发起了进攻。
赛典赤闻报后大怒，立即下令鸣锣收兵，高声地斥责道：“天子命我安抚云南，未曾命我杀戮。没有主将命令而擅自攻城，当按军法处死。”
元军诸将急忙下跪叩头，请求等到攻下城池之日再行惩治。