最终，30岁的朱棣满载而归，成功地取得了这次重大战事的胜利，不仅使他的军事实力大大地加强了，而且也使他在皇子中间声名鹊起，成为了通往皇权宝座的良好开端。
对于朱棣智勇双全的表现，朱元璋感到特别高兴，明确规定朱棣和晋王一起拥有直接向父皇禀报军事要务的权力。
朱棣对巩家贵和马和也更加重用了，凡事都与他们商议，十分的信任。
朱元璋晚年的时候，大明的功臣宿将被诛杀殆尽。各地藩王的势力日益膨胀。北方的军事都由藩王们掌管。
1392年，长子太子朱标、次子秦王朱樉、三子晋王朱枫先后去世，作为四子的朱棣不仅在军事实力上，而且在家族尊序上都成为诸王之首。
朱元璋并没有立朱棣为太子，而是立朱标的儿子朱允炆为皇太孙，对一心想登上皇位的朱棣打击非常地沉重。
巩家禄和马和都对朱棣的遭遇感到愤愤不平，向他建议道：“皇帝立皇太孙也许是一时兴起。燕王一定要沉住气，不露声色，假以时日，必将指点江山。”
朱棣沉默不语。
朱棣和周王、齐王、代王等兄弟拥兵自重，居高临下，都对稚气未脱的侄儿朱允炆不屑一顾。
朱允炆也意识到大明朝廷面临着危机，对制衡藩王的势力深感忧虑。
1398年6月24日，71岁高龄的洪武帝朱元璋告别了他亲自创立的大明王朝病逝了。朱允炆正式继位为皇帝，史称建文帝。
建文帝即位以后马上与亲信大臣齐泰、黄子澄等秘密商议削藩的事宜。他们考虑到燕王朱棣的势力最为庞大，一时难以下手，所以就从朱棣的同母弟第周王的身上动刀。
周王、代王、岷王、湘王、齐王先后被削夺权力。湘王被迫自焚。其余的叔伯都被废为庶人。
同时，建文帝在北平的城内及其周围地区部署兵力，又以防卫边疆的名义把朱棣的护卫精兵调到了塞外戍守，最后正式动手开始削除实力强大的燕王。
看到建文帝大力削藩，远在北平的朱棣知道自己以后的日子不好过了。他决定不能坐以待毙，而是要凭借多年苦心经营的兵力和谋略针锋相对，大展宏图。
他和巩家贵马和商量，先派遣一个信使前往应天府，刺探一下皇帝的心思。
建文帝的心腹齐泰把信使管押起来，命人严刑拷打，获得了朱棣将要举兵造反的情报。
建文帝立即下令派兵进行北伐，逮捕燕王府的官员和家属
中原汉地的老百姓自古以来遵守帝王传承的规矩，只承认朱元璋指定的朱允炆为大明正统的皇帝，把朱棣当做是扰乱纲常的逆臣。他们纷纷自愿帮助皇家的军队抗击朱棣。
朱棣并非一个等闲之辈。他的头脑聪明智慧，拉出铲除皇帝身边的奸臣、为国消除灾难的大旗，名正言顺地带领巩家贵和马和适时出击。
朱棣的人马刚走出北平城，就在东坝与南来的皇家军队相遇了。
东坝背靠重重的群山，面对平坦的土地。坝河、亮马河、温榆河在这里交汇，连河通海。
双方展开了激烈的厮杀和交锋。
朱棣骑着一匹青骢马，冲到队伍的最前面。
皇家军队的官员认出了朱棣，立刻指挥官兵围堵上来，将朱棣逼到了一条河沟的边上。
前面是大军，后面是河沟。朱棣危在旦夕，眼看就没有性命了。他在情急之下询问自己坐骑道：“你能跨过这条河沟让我脱离危险吗？”
朱棣说完话猛地一抖缰绳。
青骢马噌地一下腾空而越，驮着朱棣连续跨过了三道河沟，甩开了后面的追兵。他化险为夷并且取得了战斗的胜利。
青骢马最后因为劳累过度倒在地上死亡了。朱棣后来迁都北平改为北京以后，为了纪念当年青骢马的忠勇，在东坝修建了一座马神庙，在庙中设立了青骢马的塑像，把它当作神马来祭祀和朝拜。
此后，朱棣和皇家双方你来我往，展开了拉锯战，互有胜负。最后，胜利的天平还是倾向了智勇更高一筹的朱棣。经过几次重大的战役，朱棣率领的军队基本上消灭了皇家军队的主力。
1402年1月，朱棣得知应天城里兵力空虚，眼睛里发出了明亮的光忙。他决定改变战略，命令郑和和巩家禄率师南下，接连攻克泗州（即今天的安徽省泗县）和扬州。
建文帝看到燕王的大军迅速南下，急忙派遣爷爷朱元璋的侄女、自己的堂姑庆成郡主出使北平，向朱棣乞求割地求和。
朱棣热情地接待了堂姐妹。但是，他断然拒绝了求和的要求。
这时候，江南的一些将领也选择倒向了朱棣。
朱棣的军力陡然大增。他信心百倍，灵活运用策略，挥师渡过长江，攻下了江南的重镇瓜州（今天江苏省镇江