马启示总结金积堡之战失败的原因主要有两点：一是起义领袖马化龙出身于回回上层，反清的主要目的是为了保持和加强哲合忍耶的政治特权和经济地位，和陕西起义军推翻腐朽的大清统治不一致，没有提出鲜明的政治口号，更没有斗争到底的决心，时时想要求抚，最终还是投降了。二是陕甘起义军没有统一的领导，力量分散，形不成强大集中的打击力量。各支队伍往往是各自为战，被清军各个击破在所难免。
左宗棠则是老谋深算的军事家。他针对西北地区的地理特点制定了正确的作战方针，完成对金积堡的包围以后成功地使用深沟高垒阻断了起义军的内突外援，迫使处在绝境中的起义军只有投降了。
清军的胜利也是付出了重大代价的，仅刘松山的老湘军死伤官兵达千余人，因伤致残达2000余人。左宗棠也承认十多年来手下的伤亡也没有超过这一次，可见清军的损失非常严重。
马化龙领导的金积堡起义是历史上规模最大的一次哲合忍耶教派起义，因此引起了朝廷对哲合忍耶的高度关注，掀起了大肆镇压新教的活动。
左宗棠在发布的布告中说道：“查新教本是回教异端，自乾隆四十六年剿办马明心、苏四十三，四十九年办田逆后，马化龙之父马二，复以新教遗种，惑众敛钱，传染数省。马化龙凶焰更炽”，今后“如敢仍行新教，听从海里飞等妖徒惑众，潜相勾煽，或妄造谣言……定即立定刑诛”。
于是，朝廷采取了打散教民和减弱势力的策略，把哲合忍耶教民强行安置在隔绝的荒地上。
哲合忍耶教民为了纪念马化龙殉难，尊称他为十三太爷，在吴忠设立拱北纪念。哲合忍耶第七代穆勒师德马元章用重金买回了马化龙的头颅，埋在张家川的北山拱北（坟地）。
马化龙的男性后裔几乎都被杀害，仅留下了两个孙子:一个6岁的马进成，一个4岁的马进西。
1877年4月，官府把马进成阉割以后送给开封的官吏温某为奴。马进成25岁的时候去世，后来被教徒追认为汴梁太爷。
马进西在清军解押进京的途中，在哲合忍耶云集的张家川被马明心的第四世孙马元章和马元超截住搭救了下来。
马化龙的女性亲属有的发配给官吏为奴隶，有的婚配给清军官兵。马化龙的一个侄女侥幸逃脱，在西吉县沙沟陶家堡讨饭时被柏树坟的好心人收养，后来嫁给了马元章。另一个侄女逃到张家川，嫁给了杨某，后来丈夫去世以后又嫁给了马元超。
告别了起义军将士鲜血染红的董志塬，马启示、白彦虎的起义军只有一条道路可走。那就是一直向西，向西。