这时候，沙皇俄国占领了回疆（即新疆）的伊犁地区。
中亚花剌子模故地浩罕汗国的阿古柏借口为大清王朝照看失去控制的地方，率领军队长驱直入，占领了迪化和吐鲁番。
回疆的形势日趋紧张。
大清朝廷一看情况不妙，急忙任命荣全为伊犁将军，命令成禄率领部队西出嘉峪关进入回疆，又命令左宗棠派兵进入肃州。
左宗棠立即命令徐占彪率领12个营的步兵和骑兵，经由凉州和甘州赶往肃州。
9月13日，左宗棠率领的湘军与马占鳌的起义军狭路相逢。
湘军人多势众，使用的是现代化的武器，军力十分强势，几次打败了马占鳌。
时值隆冬，马占鳌和马海晏决定兵行险着。他们亲自率领300人的敢死队，携带水壶和石块等，乘夜潜入了湘军腹心阵地的制高点新路坡，迅速筑起了一道工事，再浇上水冻成了异常坚固冰块。
湘军等到天亮以后发动了猛攻。
马海晏指挥敢死队员从容应战，导致湘军伤亡惨重，军心出现了动摇。
马占鳌乘势发起冲锋，与马海晏里应外合。
湘军溃不成军，仓皇撤退。
这就是著名的“黑虎掏心”战术，也是左宗棠进军西北以来遭遇的最大一次惨败。
马占鳌居安思危，没有被眼前的胜利冲昏头脑。他邀请穆和迈以生意人的身份前往西宁，联络流落到那里的白彦虎和马桂源，争取互相支援。
马占鳌的内心深处和马化龙一样，不是要杀害无辜的汉人老百姓，也不是要推翻大清政权建立独立的回教国家。他起义的目的就是想借助这场运动为自己的华寺门宦争取一个宽松的政治环境。所以，他在参加起义不久思想就开始摇摆，时而求抚，时而反清。这种心态在左宗棠镇压了马化龙以后更加表露无遗。
马占鳌在太子寺大败左宗棠，正是宜将剩勇追穷寇的大好时机。
他熟读经史，思前想后，头脑始终十分清醒。
他对将领们说道：“现在，陕西的白彦虎失败了。宁夏的马化龙也失败了。陕西的局势已经稳定。甘肃也大半平定。我们只剩下河州和西宁两个城池。战乱殃及各地，长此以往，不但加深了汉人的仇怨，回回人也无立锥之地。如今，如果按照大家的意见去攻打安定大营，即使一战而胜，附近的河山都归我们所有，谁又能用一团泥巴封住宽敞的函谷关，使关东的清军过不来呢？除掉一个左宗堂，后面还有无数个左宗堂等着呢。河州这个弹丸之地怎么能够与天下抗衡？今后，种地的还要种地，做买卖的还要做买卖。造反的事情由我一人来承担。朝廷杀了我一个，可以救下你们10个人。杀了你们10个人，可以救下他们100个人。假如等到我们失败了再去投降，朝廷的处理一定会很重。大家也都会受到连累。死的人会更多了。今天的形势倘若放弃投降，我看是再没有别的出路了。”
经过马占鳌这番苦口婆心的劝说，起义军的其他领袖才改弦更张，勉强同意向左宗棠投诚。
远在西宁的穆和迈听说马占鳌向朝廷投降了，惊骇得半天说不出一句话来。他不知道该如何向白彦虎和马桂源解释自己的使命，更不敢返回河州城，暂且留在了白彦虎的军营里。