马芳吞并骑5军之后把自己的实力伸张到了河西走廊，实际上已经控制了青海、甘肃二省。如果能够控制新疆，他就可以成为中国大西北的统治者——西北王。因此，他的目光早已经觊觎着军事委员会西北行营主任、西北行政长官这个肥缺。
老蒋指令骑5军“西征新疆，捍卫边防”，正中了马芳称霸大西北的下怀。他立刻喜上眉梢，奉命唯谨。
马芳呷了一口“三炮台”茶水，慢慢地向马彪说道：“阿爸，我打算派遣马呈祥率领骑兵第1师到新疆去。但是，他是我的外甥，又是阿爸的女婿，我想找一个得力的人跟着他。所以想借阿爸手下的牛占海辅助他一段时间，然后一定完璧归赵。阿爸的意向如何？”
马彪的心中想到：既然你对自己的外甥都不相信，为什么要任命他为军长呢？你这是分明是在拆阿爸的台嘛。
马彪知道不能得罪马芳，只好勉强的挤出笑容来说道：“好吧。那就让牛团长速去速归。”
马呈祥出身于名门之家，上过青海省著名的昆仑中学、青海军官教导团，还是陆军大学甲级将官班毕业生，有文化，也有军事指挥的能力。他和马芳的儿子、表兄马援是马芳最相信、最得力的青年军官，在军事方面算是马芳的左右手。
接到开赴新疆的命令后，马呈祥清楚地知道自己的机会来了。他想借此摆脱束缚自己的羁绊，凭借骑5军的势力像当年的堂舅马英一样在新疆打天下。他摩拳擦掌，打着自己的小算盘：他将率领10000多名骁勇善战的铁骑，驰骋在新疆广袤的大漠和美丽的草原上。这是马芳进一步统治西北的契机，也是自己通向新疆政权的捷径。
骑5军是一支以回族和撒拉族为骨干的军队，只有少量的汉族人，主要的军职几乎都是由回族人或撒拉族人担任，尤其是“甘（肃）、河（州）、回（族）、马（姓）”。因此，骑5军也被人们称为回回军或者马军。
骑5军名义上是1个军，实际上只有两个整编旅（骑6旅，旅长韩荣福；骑7旅，旅长韩有文），每个旅有3个团，每个团约1000人，外加1个直属团、2个直属连（警卫连和通讯连），官兵将近10000人，军马12000余匹。这支部队从士兵直到将佐都能够做到马术精熟和射击准确，又深受宗教影响和马芳专制的教育，因而形成为一支凶猛强悍的队伍。
牛占海跟随马呈祥率领骑5军从西宁乐家湾的大军营出发，沿祁连山有水草的通道蜿蜒西上，走了3个月才到达新疆。他们在哈密的七角井兵分两路，撒拉军官韩有文率领骑7旅，经过大石头村，进驻木垒、奇台和吉木萨尔一带，司令部设在奇台城内。军直和韩荣福的骑6旅接替原暂编第3师的防地，进驻迪化（今天乌市）和景化（今天呼图壁县）一带。
马呈祥虽然人在新疆，却直接受命于马芳的指挥，甚至军饷也由马芳控制调拨。
骑5军进驻新疆大大地加强了国民政权的军力。骑5军是骑兵部队，在地广人稀的新疆作战，机动性和灵活性优越于其它兵种，因而暂时将三区革命军阻滞在玛纳斯河的西岸，为国民政权和三区革命阵营的和谈创造了有利的条件。
马呈祥驻扎在迪化的老满城。他的巡逻队铁骑肆无忌惮地在迪化的城区奔驰。马鞭子在空中飞舞。军马随地大小便。街上的行人唯恐躲避不及。
迪化的老百姓原以为骑5军可以稳定新疆的局势，不想却是乌烟瘴气，整得民不聊生。于是，迪化的老百姓怨声载道。
一天，牛占海身着一套便衣，来到迪化汉城的大十字看戏。他在无意当中听到很多人在议论骑5军的不是。回到老满城的司令部以后，他立即向马呈祥汇报了在戏院里听到的情况。
马呈祥虽然是马芳家族的一员，但是，他的思想相对比较开明。听到市民的怨恨和反感以后，他立即下令集合队伍，当众狠狠地抽了巡逻队队长10马鞭，现场制定了“十不准”的纪律。
马呈祥的心里十分清楚，要想避免重蹈马英的旧辙、在新疆扎根立足，必须树立骑5军在老百姓心目中的良好形象，不能野蛮行事，而是要亲和老百姓。
他平时除了加强军事训练和开展“忠君”的思想教育之外，还经常挑选马术和骑射技术最好的官兵，在老满城或迪化城郊举行马术和骑射表演，邀请新疆军、政、商、学各界的人士观看，以显示骑5军的强大威力。
他雄心勃勃，周旋政要，延揽人才，甚至在文化教育、宗教信仰、舆论宣传以及社会活动等方面采取了一系列的措施。他在迪化城里开办了一所回民中学，还设立了一个办事处，开办了一个报馆，专门出版发行骑5军自己编辑的《新新报》。他还经常拜访迪化著名的回回大阿洪马良骏，期冀在宗教界开辟自己的领域，影响更多的老百姓。
1946年4月，国民政权、苏联和三区革命领导人经过和平谈判，制定了11条的和平条款，取消了“东土厥斯坦共和国